MolBoolean™ măsoară proteinele libere și legate în același experiment
Atlas Antibodies a lansat MolBoolean™, un nou test de proximitate în situ. Acesta permite detectarea proteinelor libere A și B, precum și a complexului A–B, în celule și țesuturi fixate. Această metodă oferă cercetătorilor posibilitatea de a normaliza semnalele de interacțiune la nivelurile totale de proteine și de a observa atât locul în care două proteine interacționează, cât și cantitatea fiecărei proteine implicate.
În colonul uman, MolBoolean™ a evidențiat SATB2 liber (magenta), HDAC1 liber (verde) și complexul SATB2–HDAC1 (alb). Anticorpii utilizați sunt: anti-SATB2 monoclonal (AMAb90682) și anti-HDAC1 policlonal (HPA029693).
Interacțiunile proteinelor sunt esențiale pentru majoritatea proceselor celulare, de la semnalizare la reglarea genelor. Testele standard de ligare prin proximitate (PLA) au permis observarea directă a acestor interacțiuni în celule și țesuturi. PLA standard detectează doar proteinele care interacționează, ceea ce complică interpretarea rezultatelor. Creșterea semnalului de interacțiune poate fi greu de distins, lăsând loc pentru ambiguități între creșterea legării și creșterea expresiei proteinelor. Fără informații despre fracțiile libere, o modificare în expresia proteică poate fi confundată cu o schimbare în interacțiune.
MolBoolean oferă o soluție prin raportarea atât a fracțiilor libere, cât și a celor legate din același eșantion. Aceasta permite cercetătorilor să analizeze proporția fiecărei proteine implicate în complex, la nivel celular, și să compare aceste date în funcție de condiții, tratamente sau regiuni ale țesutului.
Testul folosește sonde de proximitate secundare de tip șoarece și iepure, concepute cu un oligonucleotid brevetat. Atunci când cele două proteine țintă sunt legate, sondele generează un semnal pentru complex. Când o proteină este liberă, testul produce un semnal separat pentru acea proteină. Aceasta le oferă cercetătorilor:
– Detectarea proteinelor libere și legate într-un singur experiment: se detectează împreună proteina A liberă, proteina B liberă și complexul A–B.
– Semnale de interacțiune normalizate la proteina totală: o creștere a legării poate fi distinsă de o creștere a expresiei.
– Rezoluție la nivel celular: software-ul de analiză a imaginilor inclus în kit separă semnalele pentru cuantificarea relativă a fracțiilor libere și interacționante.
– Anticorpi proprii: testul utilizează anticorpi primari validați de tip șoarece și iepure, integrându-se astfel în proiecte și panouri existente.
– Semnal puternic: amplificarea prin cercuri mobile intensifică fiecare semnal.
– Echipament standard: semnalele sunt citite pe un microscop de fluorescență standard.
– Fără inginerie genetică: eșantionul nu necesită modificări.
– Context natural: testul funcționează pe celule și țesuturi fixate, permițând cercetarea proteinelor endogene acolo unde sunt exprimate natural.
MolBoolean a fost dezvoltat cu ajutorul lui Ola Söderberg de la Universitatea Uppsala, unul dintre inventatorii tehnologiei originale PLA în situ. Noua metodă se bazează pe această cercetare, adăugând ceea ce PLA standard nu include: fracțiile proteice libere.
MolBoolean este destinat cercetătorilor care doresc să înțeleagă cum se schimbă interacțiunile proteinelor, nu doar să determine dacă acestea au loc. Aplicațiile includ descoperirea de medicamente, unde testul poate arăta dacă un compus afectează legarea între două proteine, precum și cercetarea biomarkerilor și studiile mecanismelor bolilor.
