Îmbunătățirea reproducibilității în fluxurile de lucru genomice prin extracția cu bile magnetice
Într-un interviu, Dr. Dagmara Lewandowska, Product Manager pentru NGS la INTEGRA Biosciences, discută despre inovațiile în extracția bazată pe bile magnetice și automatizarea genomics.
Dr. Lewandowska a prezentat bilele magnetice MAGFLO™ NGS. INTEGRA se bazează pe zeci de ani de experiență în manipularea lichidelor, combinând bilele magnetice MAGFLO NGS pentru selecția dimensiunii în pregătirea bibliotecilor NGS cu protocoale care pot fi realizate pe modulul MAG.
Bilele MAGFLO NGS au trei caracteristici esențiale care le diferențiază de alternative. În primul rând, bilele rămân stabile la temperatura camerei timp de 12 luni, în timp ce bilele magnetice de la alți furnizori trebuie, de obicei, păstrate la frigider și echilibrate la temperatura camerei înainte de utilizare pentru a asigura parametrii constanți de manipulare a lichidelor.
Fiind stabile la temperatura camerei, laboratoarele pot evita întârzierile de echilibrare și pot reduce variabilitatea în raporturile bile-materie. Bilele noastre sunt, de asemenea, libere de RNaze, astfel încât pot fi utilizate pentru manipularea ARN-ului și sunt verificate pentru controlul calității, fiecare lot fiind calificat pentru utilizare în protocoalele de selecție a dimensiunii înainte de a fi eliberat pentru vânzare. Prin urmare, bilele MAGFLO NGS reprezintă o soluție magnetică eficientă din punct de vedere al costurilor, 3 în 1.
Bilele MAGFLO NGS au fost concepute pentru a se integra perfect cu gama de instrumente de pipetare ale INTEGRA, care pot fi configurate în funcție de cerințele specifice ale fluxului de lucru. De asemenea, sunt compatibile cu modulele MAG și HEATMAG pentru colectarea rapidă a bilelor cu pierderi minime și transfer de bile.
În contrast cu magnetele tradiționale, care creează un pellet în formă de inel în jurul puțului, ce necesită o manipulare precisă a pipetei și alinierea verticală a vârfului pentru a evita deranjarea bilelor, modulele MAG colectează convenabil pelletul într-un colț al puțului prin mișcarea verticală a tijelor magnetice. Aceasta facilitează pipetarea mai ușoară și mai fiabilă, fără pierderi de bile, conducând la rezultate mai reproducibile.
Modulele HEATMAG fac un pas suplimentar, combinând această separare magnetică inovatoare cu capacități de încălzire, oferind un set-up perfect pentru liza încălzită în timpul extracției acizilor nucleici sau pentru optimizarea condițiilor de eluație pentru a crește randamentele.
Aceste module pot fi utilizate ca unități autonome pentru procesare manuală sau combinate cu o varietate de platforme de pipetare INTEGRA pentru fluxuri de lucru semi- sau complet automatizate. De exemplu, combinarea unui MAG sau HEATMAG cu o platformă de pipetare MINI 96, VIAFLO 96 sau VIAFLO 384 va permite utilizatorilor să proceseze simultan plăci întregi de 96 sau 384 de puțuri – sau 24 de tuburi la un moment dat – sporind semnificativ productivitatea laboratorului.
Când este utilizat împreună cu robotul de pipetare ASSIST PLUS și o pipetă electronică multicanal VIAFLO sau VOYAGER, modulele MAG oferă o purificare bazată pe bile magnetice complet autonomă, fără a necesita gripere costisitoare și brațe robotizate. Modulul de pipetare D-ONE cu un singur canal poate fi, de asemenea, montat pe ASSIST PLUS pentru normalizare și grupare după pregătirea bibliotecii.
De la început, INTEGRA a dezvoltat bilele MAGFLO NGS pentru a oferi clienților un pachet complet testat și calibrat de instrumentație și reagenți pentru NGS, gata de utilizare, totul de la un singur furnizor de încredere.
Principalele provocări ale fluxului de lucru pe care bilele MAGFLO NGS și modulele MAG sunt concepute să le abordeze în pregătirea bibliotecii NGS includ, în primul rând, reproducibilitatea. Automatizarea transferului de probe, de exemplu, pe ASSIST PLUS cu un modul MAG, îmbunătățește consistența manipulării lichidelor comparativ cu metodele manuale, ceea ce duce la rezultate mai reproducibile. Parametrii precum timpii de incubație și înălțimea magnetului pot fi programați rapid folosind software-ul nostru VIALAB pentru a asigura manipularea lichidelor în exact același mod de fiecare dată.
O altă provocare majoră pe care o abordează bilele noastre este necesitatea de a echilibra bilele refrigerate la temperatura camerei înainte de utilizare pentru a menține parametrii consistenți de pipetare și raporturile bile-materie. Bilele MAGFLO NGS sunt stabile la temperatura camerei, deci nu trebuie refrigerate și echilibrate, economisind spațiu de stocare și timp de pregătire.
Un alt beneficiu al soluțiilor noastre cu bile magnetice este că magnetele modulului MAG se mișcă în sus și în jos, în timp ce placa rămâne la locul ei. Acest lucru înseamnă că modulele au o amprentă compactă, economisind spațiu valoros pe platformă și făcând modulele mai ușor de manevrat și integrat cu alte platforme.
Bilele magnetice sunt utilizate de obicei pentru pregătirea bibliotecilor NGS, curățarea PCR și extracția ADN genomic. Laboratoarele adoptă frecvent bile magnetice pentru a-și crește capacitatea de procesare, a îmbunătăți reproducibilitatea rezultatelor și a obține mai mult timp liber. Unele grupuri doresc, de asemenea, să se abată de la extracția tradițională cu coloane de centrifugare și să introducă mai multă automatizare, ocolind etapa de centrifugare și evitând procesele manuale obositoare. Pentru a sprijini aceste fluxuri de lucru, am lansat kitul Clean Blood and Tissue DNA (CleanNA) destinat în mod special pentru a acoperi o etapă de extracție, care poate fi automatizată pe un dispozitiv de bancă INTEGRA echipat cu un modul MAG pentru extracții autonome.
Fluxul de lucru tipic NGS, de la început la sfârșit, include extracția și izolarea probelor, inclusiv aliquotarea/re-formatting și extracția acizilor nucleici, care pot fi realizate folosind ASSIST PLUS, VOYAGER și modulul HEATMAG. Apoi urmează pregătirea bibliotecii, inclusiv fragmentarea, selecția dimensiunii/curățarea și generarea bibliotecii NGS. Pipeta hibridă SWITCH poate fi utilizată pentru fragmentare, iar pipetele ASSIST PLUS și VOYAGER pot fi folosite cu modulul MAG pentru restul sarcinilor implicate în etapa a doua. MIRO CANVAS poate fi utilizat pentru miniaturizarea testelor.
În final, se ajunge la secvențiere, de la cuantificare și normalizare la grupare. ASSIST PLUS poate fi echipat cu VOYAGER pentru cuantificare și cu modulul de pipetare D-ONE pentru normalizare și grupare. După aceasta, proba ar trebui să fie pregătită pentru secvențiere.
Feedback-ul primit de la clienți în legătură cu bilele MAGFLO NGS a fost foarte pozitiv. Clienții sunt mulțumiți de calitatea ridicată a bilelor noastre și le consideră comparabile cu standardul de aur din industrie. De asemenea, aceștia observă că bilele oferă rezultate de secvențiere foarte reproducibile și apreciază capacitatea de a pregăti rapid probele într-un mod automatizat, fără intervenție manuală.
Un laborator terț a efectuat teste beta pe bilele MAGFLO NGS, folosindu-le pentru selecția
