O nouă metodă facilitează secvențierea rapidă a hantavirusurilor rare
Infecțiile cauzate de hantavirusuri sunt rare, dar extrem de periculoase, având o rată de mortalitate de 30-40% în rândul persoanelor infectate.
Atunci când apar cazuri, autoritățile de sănătate publică necesită informații rapide și detaliate despre virus pentru a identifica tulpina și originea acestuia, astfel încât să poată preveni expunerea altor persoane la boală.
Secvențierea întregului genom este o parte esențială a acestui proces, deși genomurile acestor virusuri sunt dificile de secvențiat cu metodele existente.
O nouă metodă pentru secvențierea întregului genom al hantavirusurilor îmbunătățește strategiile actuale pentru identificarea focarelor. Microbiologul Janet Manson, care a condus dezvoltarea acestei metode, a prezentat-o săptămâna aceasta la Washington, D.C., la ASM Microbe 2026. Manson este un APHL-CDC Fellow la California Department of Public Health.
Conform Centrului pentru Controlul și Prevenirea Bolilor, în Statele Unite, aproximativ 30 de persoane sunt infectate anual cu hantavirusuri, majoritatea cazurilor fiind cauzate de virusul Sin Nombre, purtat de șoarecele cerb.
Secvențierea întregului genom poate ajuta microbiologii și epidemiologii să înțeleagă mai bine complexitatea hantavirusurilor. Având secvența la dispoziție, cercetătorii pot urmări infecțiile. „Când există un focar sau chiar un caz, trebuie să știm unde a fost expusă persoana pentru a opri expunerea altor oameni”, a explicat Manson.
Cu toate acestea, secvențierea hantavirusurilor poate fi dificilă din cauza structurii complexe a genomului, diversității genetice ridicate și a concentrațiilor virale adesea scăzute întâlnite în probele umane. Drept urmare, există puține secvențe ale întregului genom disponibile public.
Pentru a depăși aceste obstacole, Manson și colegii săi au conceput mai întâi un primer – o mică secvență de material genetic care se leagă de virus – care poate recunoaște și atașa la genom în timpul conversiei ARN-ului viral în ADN. Apoi, au dezvoltat o metodă de secvențiere a fiecărui segment genomic într-o singură bucată lungă. Pentru probele cu concentrație virală scăzută, cercetătorii au adăugat un al doilea pas pentru a crește randamentul genomic.
Această abordare permite secvențierea cu succes a probelor care altfel ar avea prea puțin material viral pentru analiză. În teste de laborator, metoda de secvențiere a generat date de secvențiere a întregului genom din 35 de probe de rozătoare care au fost deja testate pozitiv pentru virusul Sin Nombre.
Metoda s-a dovedit deja utilă în teren: într-un caz recent, Manson a reușit să coreleze secvența genomică a unei persoane infectate cu cea a unui rozător prins în apropierea casei persoanei respective. Acest tip de informație ajută oamenii de știință să confirme locurile de expunere la hantavirusuri și este folosit pentru a viza mai bine intervențiile și educația în domeniul sănătății publice în zonele care au cea mai mare nevoie.
Manson a declarat că speră ca acest instrument să fie util și în afara Departamentului de Sănătate Publică din California. Deși alte state au rate mai mari de infecții umane, multe nu dispun de resursele necesare pentru a implementa și menține secvențierea întregului genom pentru virusuri mai rare. Noua metodă, a spus ea, „este comparativ ieftină de configurat” în comparație cu alte tehnologii comune. Dispozitivul de secvențiere, care poate fi conectat la un laptop, costă în jur de 3.000 de dolari.
Cercetătorii extind acum metoda pentru a o aplica la hantavirusuri dincolo de Sin Nombre. Recent, au reușit să secvențieze genomul unui virus similar cu virusul Andes de la o persoană care a călătorit în Paraguay anul trecut.
„Vrem cu adevărat să înțelegem mai bine diversitatea hantavirusurilor din întreaga țară și să putem analiza markerii evoluției virale, doar pentru a înțelege ce se întâmplă”, a spus Manson.
