Secvențierea ADN oferă sprijin în identificarea tumorilor pancreatobiliare ascunse
Distingerea stricturilor biliare maligne de cele benigne reprezintă o provocare clinică majoră.
Cercetările recente aduc în discuție utilizarea bilei, colectate în timpul procedurii de colangiopancreatografie retrogradă endoscopică (ERCP), ca sursă suplimentară de informații genomice despre tumori. Un studiu publicat în eGastroenterology de către Rojo și colegii săi a analizat secvențierea întregului genom cu un nivel ultra-scăzut (ULP-WGS) al ADN-ului liber din bilă ca o abordare potențial scalabilă și eficientă din punct de vedere al costurilor pentru detectarea malignității, clasificarea originii tumorale și stratificarea prognostică.
Studiul a inclus 95 de pacienți care au suferit prima ERCP pentru o stricture biliară suspectă de malignitate. Evaluarea patologică inițială a clasificat 26 de stricturi ca maligne și 69 ca fiind indeterminate. După un follow-up de până la 12 luni, 45 dintre cazurile inițial indeterminate au fost confirmate ca maligne, iar 24 ca benigne. Cohorta finală de malignitate a inclus 40 de colangiocarcinoame (CCAs) și 31 de adenocarcinoame ductale pancreatice (PDACs).
Folosind doar 2 ng de ADN din bilă, cercetătorii au efectuat ULP-WGS cu o acoperire genomică de aproximativ 0,2×. Pipeline-ul open-source ichorCNA a fost utilizat pentru a identifica alterările mari ale numărului de copii (CNAs) și pentru a estima fracția tumorală (TF), cu TF ≥10% indicând ADN tumoral circulant detectabil.
Printre pacienții cu un diagnostic patologic inițial de malignitate, ULP-WGS a detectat ADN tumoral în 73% dintre cazuri, incluzând 82% dintre CCAs și 56% dintre PDACs.
În grupul mai provocator clinic al stricturilor inițial indeterminate, care au fost ulterior confirmate ca maligne, sensibilitatea a fost de 51%. Este important de menționat că 23 din cele 24 de cazuri benigne au avut rezultate negative, ceea ce corespunde unei specificități de 96%. Comparativ, CA19-9, la pragul predefinit de 44 U/mL, a realizat doar 53% specificitate în cazurile benigne evaluabile.
În rândul pacienților ULP-WGS-pozitivi, a căror malignitate nu a fost stabilită la prima ERCP, ADN-ul tumoral a fost detectat cu o medie de 38 de zile înainte de diagnosticarea convențională. În șapte cazuri, semnalul genomic a precedat diagnosticul cu mai mult de 100 de zile, intervalul cel mai lung ajungând la 499 de zile.
Secvențierea țintită a bilei, utilizând asayul Bilemut cu 52 de gene, a demonstrat o sensibilitate mai mare, detectând mutații în 94,7% dintre stricturile maligne evaluabile. ULP-WGS, însă, a necesitat mai puțin ADN și a furnizat informații globale despre CNA care nu puteau fi capturate prin analiza mutațiilor țintite.
Profilurile CNA au reprodus alterările genomice descrise anterior în țesutul tumorilor pancreatobiliare, incluzând pierderi recurente pe 9p, 17p și 18q și câștiguri pe 7p, 7q, 8q și 19q.
Un clasificator CNA supravegheat pe 50 de regiuni a distins CCA de PDAC cu o acuratețe de 86,4% în cohorta de referință și de 85,0% într-o cohortă de validare separată. Pierderea de 1p a fost îmbogățită în PDAC, în timp ce pierderea de 9p a fost mai frecventă în CCA. Aceste descoperiri sugerează că modelul integrat CNA, mai degrabă decât o singură alterare, poate codifica informații despre originea țesutului.
Integrarea genomică poate îmbunătăți stratificarea riscurilor. Nici TF, nici încărcătura mutațională tumorală (TMB) țintită, luate separat, nu au stratificat semnificativ supraviețuirea globală. Totuși, pacienții care erau atât TF-pozitivi, cât și aveau mutații în cel puțin trei gene, au avut o medie de supraviețuire globală de 5,1 luni, comparativ cu 13,7 luni în rândul celorlalți pacienți.
După ajustarea pentru managementul inițial, CA19-9 și antigenul carcinoembriogenic, acest profil genomic combinat a rămas asociat independent cu o supraviețuire mai slabă (raportul de risc ajustat 2,51, 95% CI 1,22–5,14).
Rolul clinic al ULP-WGS din bilă nu este suficient de sensibil pentru a exclude malignitatea atunci când rezultatul este negativ și nu ar trebui să înlocuiască histopatologia. Cel mai promițător rol ar putea fi ca test complementar după o primă ERCP inconclusivă. Un rezultat pozitiv ar putea justifica o prelevare repetată accelerată, colangioscopie, biopsie ghidată prin ultrasunete endoscopice sau o supraveghere multidisciplinară mai atentă.
Reducerea adâncimii de secvențiere de la WGS convențional de 30–50× la 0,2× a fost estimată să reducă costurile de secvențiere cu aproximativ 130–215 de ori. Cu toate acestea, cohorta de centru unic a fost modestă, grupul benign a fost mic, iar clasificatorul CCA–PDAC necesită validare externă. Studiile multicentrice prospective trebuie să determine dacă această strategie poate reduce procedurile repetate, să scurteze întârzierile diagnostice și, în cele din urmă, să îmbunătățească rezultatele pentru pacienți.
