O nouă metodă PCR facilitează amplificarea completă a genomului HPV 16
Virusul papiloma uman (HPV) este un virus cu ADN circular, cu două lanțuri, având un genom de aproximativ 7–8 kb. Această cercetare a avut ca scop stabilirea unei metode de reacție în lanț prin polimerază (PCR) cu extensie suprapusă pentru amplificarea întregului genom al HPV 16.
Genomul HPV 16 a fost împărțit în două fragmente mari (cu lungimi de 3,9 kilobaze și 5,3 kilobaze, respectiv), fiecare având regiuni suprapuse de peste 500 de perechi de baze. A fost utilizat un primer nested (primer exterior: Fout/Rout; primer interior: Fin/Rin) pentru a amplifica fiecare fragment. Parametrii cheie ai reacției au fost optimizați, inclusiv selecția a două polimeraze ADN foarte precise; de asemenea, au fost utilizate o serie de probe diluate (concentrația inițială de 2.000 de copii/microlitru, diluate la 2, 20, 200 și 2.000 de copii/microlitru) pentru teste de amplificare, cu scopul de a evalua sensibilitatea acestei metode.
Cercetarea a demonstrat o sensibilitate ridicată pentru detectarea HPV 16, cu amplificarea eficientă a probelor de până la 2 copii/µL. Pentru probele cu concentrație scăzută, s-a obținut o identitate de 98% cu secvența de referință HPV 16 (K02718.1).
Metoda PCR cu extensie suprapusă, stabilită în această cercetare, demonstrează o sensibilitate și specificitate ridicate pentru amplificarea HPV 16 în celulele exfoliate cervicale. Această metodă oferă o bază tehnică robustă pentru cercetarea genomică, având aplicații potențiale în secvențierea întregului genom și analiza variațiilor. Studiul oferă perspective pentru optimizarea sistemelor de amplificare PCR nested și servește drept referință pentru alte studii ce implică amplificarea fragmentelor lungi de ADN.
