Cercetătorii cartografiază 239 de virusuri ARN infecțioase pentru a evalua riscurile viitoare
Un nou catalog global cuprinzând 239 de virusuri ARN infecțioase pentru oameni evidențiază modul în care gazdele animale, transmiterea prin vectori, lacunele în supraveghere și trăsăturile virale influențează drumul de la spillover la amenințarea epidemică.
O revizuire recentă publicată în jurnalul Scientific Data prezintă un catalog global actualizat, care aduce numărul virusurilor ARN cunoscute a infecta oamenii la 239 de specii, cu 25 mai multe decât în 2018, oferind noi perspective asupra emergenței și răspândirii acestora.
Virusurile nu apar aleatoriu; majoritatea se grupează în câteva familii, fiind legate de gazde non-umane, în special mamifere, și sunt detectate la rate variate de-a lungul timpului pe măsură ce tehnologiile de taxonomie, raportare, supraveghere și secvențiere evoluează.
Deși spillover-ul în oameni este comun la nivel global, doar o minoritate dintre specii ajung la niveluri epidemice sau endemice în rândul oamenilor, subliniind un blocaj critic între expunere și răspândirea epidemică.
Virusurile ARN continuă să reprezinte o amenințare în creștere pentru sănătatea globală, provocând boli precum rujeola, gripa și SIDA cauzată de HIV și generând noi focare. Evenimente recente legate de virusul Oropouche și coronavirusul sindromului respirator acut sever 2 (SARS-CoV-2) subliniază potențialul epidemic al acestor virusuri. Totuși, peisajul viral continuă să se schimbe rapid.
Cercetătorii identifică aproape în fiecare an specii noi infecțioase pentru oameni, revizuiesc clasificările și extind datele genomice și ecologice. Pe măsură ce dovezile se acumulează privind transmiterea, gama de gazde și răspândirea, necesitatea unui catalog actualizat devine esențială pentru a urmări ceea ce se cunoaște și a anticipa riscurile viitoare.
În acest studiu, cercetătorii au dezvoltat un set de date extins și actualizat al virusurilor ARN cunoscute a infecta oamenii, capturând cunoștințele curente până în decembrie 2024.
Construit pe baza unor cataloguri anterioare din 2001 și 2018, aceștia au efectuat căutări sistematice în literatură la fiecare 1–3 ani folosind baze de date precum Web of Science, PubMed, Scopus și Google Scholar, suplimentate de surse precum Organizația Mondială a Sănătății (OMS), Centrele pentru Controlul și Prevenirea Bolilor (CDC), ProMed și înregistrările genomice de la Centrul Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI).
Setul de date a inclus doar rapoarte primare revizuite de colegi care oferă dovezi solide că virusurile ARN recunoscute de Comitetul Internațional pentru Taxonomia Virusurilor (ICTV) infectează oamenii în condiții naturale sau reale, excluzând dovezile de inoculare experimentală intenționată sau in vitro.
Echipa a rezolvat ambiguitățile prin evaluări independente și consens, iar în unele cazuri a dedus trăsăturile lipsă din virusuri înrudite. Au compilat date la nivel de specie integrând informații din subtipuri cunoscute și au legat fiecare virus de primul său caz uman raportat, secvența genomică și originea geografică.
Cercetătorii au înregistrat trăsături cheie, inclusiv transmisibilitate, gama de gazde și rutele de transmitere, folosind criterii standardizate. Au clasificat transmisibilitatea în Niveluri 2, 3 și 4, variind de la infecții zoonotice fără răspândire umană până la virusuri capabile de răspândire epidemică sau endemică în rândul oamenilor.
În final, echipa a mapat datele de descoperire și locațiile, permițând analize temporale și spatiale ale emergenței virusurilor. Prin integrarea datelor genomice, ecologice și epidemiologice într-un cadru unic, setul de date actualizat oferă o bază solidă pentru studierea diversității virale, evoluției și riscurilor pentru sănătatea publică.
Numărul anual al noilor specii de virusuri ARN infecțioase pentru oameni recunoscute de ICTV este prezentat în Figura 2a. Figura 2b ilustrează acumularea de specii de-a lungul timpului, precum și acumularea de genuri și familii care conțin una sau mai multe specii de virusuri ARN infecțioase pentru oameni. Primul virus ARN uman – virusul febrei galbene – a fost raportat în 1901. Numărul de specii a crescut lent până în mijlocul anilor 1950 și ceva mai rapid ulterior. Până la sfârșitul secolului XX, 178 de specii fuseseră identificate, iar în secolul XXI, până acum, au fost adăugate încă 61. Pe decenii, anii 1960 au contribuit semnificativ cu cel mai mare număr de specii noi (42). Următoarea a fost decada 2000 (31), dar rata a scăzut din nou în anii 2010.
Setul de date actualizat include 239 de virusuri ARN cunoscute a infecta oamenii, așa cum sunt clasificate de ICTV. Comparativ cu 2018, aceasta reflectă 25 de specii suplimentare identificate prin noi descoperiri și actualizări taxonomice.
Aceaste specii se împart în 61 de genuri și 23 de familii, deși diversitatea rămâne concentrată în câteva familii, iar majoritatea virusurilor împărtășesc trăsături genomice comune, în special genomuri ARN cu catenă simplă.
De-a lungul timpului, descoperirile au crescut din mijlocul secolului XX, deși autorii notează că este necesară o analiză formală pentru a determina dacă ratele de descoperire cresc sau scad în general.
După o creștere minimă în primele decenii ale secolului XX, ratele de identificare au crescut brusc din mijlocul anilor 1900, cu vârfuri notabile în anii 1960 și începutul anilor 2000. Totuși, majoritatea speciilor nou identificate extind genuri și familii existente, mai degrabă decât introduc grupuri taxonomice complet noi.
Geografic, primele cazuri umane raportate au avut loc pe toate continentele locuite, cu grupuri în regiunile cu sisteme de supraveghere mai puternice. Acest model subliniază atât natura globală a spillover-ului viral, cât și influența capacității de detecție asupra descoperirii.
Ecologic, majoritatea virusurilor (62%) sunt strict zoonotice (Nivel 2) și nu susțin transmiterea de la om la om. Doar 60 de specii ating Nivelul 4, ceea ce înseamnă că sunt endemice la oameni sau capabile de răspândire epidemică, iar multe dintre acestea mențin încă rezervoare animale.
Cele mai multe virusuri sunt asociate cu gazde mamifere non-umane, întărind rolul lor central în emergență. Rutele de transmitere sunt diverse, dar răspândirea prin vectori, în principal prin țânțari și căpușe, domină, urmată de inhalare și căi de contact direct.
Notabil, rutele de transmitere ale unui subset de virusuri rămân incerte, reflectând lacune persistente în cunoștințe. Împreună, aceste constatări subliniază clar un peisaj definit de spillover-uri documentate repetat, descoper
