Un pachet R inovator îmbunătățește analiza căilor multiple de moarte celulară
Un nou articol publicat în BIO Integration anunță dezvoltarea pachetului CellDeathAnalysis (v0.4.0), un instrument R care oferă un cadru unificat pentru analiza a 14 căi de moarte celulară în datele bulk RNA-seq.
Pachetul introduce doi algoritmi novatori: Scorarea Căilor Conștiente de Interacțiune, care utilizează ponderarea specificității genelor inspirată de frecvența inversă a documentelor și debiasarea reziduală pentru a reduce redundanța cauzată de suprapunerile genelor între căi; și Clasificarea Subtipurilor de Moarte Celulară, care aplică clusteringul de consens pe profilurile scorurilor căilor pentru a identifica subtipuri biologic semnificative ale pacienților.
CellDeathAnalysis integrează seturi de gene curățate din FerrDb, MSigDB, KEGG și literatura de specialitate, și implementează multiple metode de scorare (z-score, ssGSEA, GSVA, AUCell și metoda nouă conștientă de crosstalk), analize de supraviețuire, analize de îmbogățire și vizualizări gata de publicare.
Aplicând CellDeathAnalysis pe 2704 mostre din The Cancer Genome Atlas (TCGA) din patru tipuri de cancer (BRCA, LUAD, LIHC și STAD), metoda conștientă de crosstalk a redus corelația intercăilor (reducere medie = 0.69) în comparație cu scorarea z-score. Scorul disulfidptozei în LUAD a arătat o asociere semnificativă cu supraviețuirea (HR = 2.19, P_adj = 0.037). Clusteringul de consens a identificat subtipuri clinic semnificative în LIHC (P = 0.017) și STAD (P = 0.028).
CellDeathAnalysis reprezintă primul instrument dedicat analizei căilor multiple de moarte celulară, cu scorare conștientă de interacțiune și capacități de clasificare a subtipurilor. Pachetul abordează provocarea critică a suprapunerii genelor între căile de moarte celulară și facilitează descoperirea subtipurilor de pacienți cu relevanță clinică.
