ddPCR și NGS pentru supravegherea virală în dezvoltarea medicamentelor antivirale
În cadrul unui interviu, Meredith Landry discută cu Chris Forsdyke, Martin Larke, Francesca Manni și Chelsea Pratt despre utilizarea tehnicilor de PCR digital în picături (ddPCR) și secvențiere de nouă generație (NGS) pentru supravegherea virală în dezvoltarea medicamentelor antivirale.
Chris subliniază importanța biologiei moleculare în cadrul studiilor de boli infecțioase realizate de hVIVO. Compania colaborează strâns cu Bio-Rad și Illumina pentru a folosi cele mai recente tehnologii și software-uri, având ca scop reducerea timpilor de răspuns, costurilor analitice și volumelor de mostre, extinzând în același timp datele colectate din probele clinice valoroase.
Obiectivul nu este doar de a discuta despre noile platforme de laborator, ci și de a oferi o imagine clară asupra modului în care aceste tehnologii se integrează în dezvoltarea clinică. Fiecare proiect este unic, iar construirea instrumentelor moleculare adecvate, împreună cu fluxurile analitice și de date asociate, este esențială, indiferent dacă se analizează seturi mici sau mari de probe clinice, cu una sau mai multe ținte de interes.
Chelsea explică diferența dintre ddPCR și qPCR, menționând că ddPCR împarte reacția în reacții nanolitre. Aceasta permite amplificarea fără competiție cu molecule abundente, oferind o cuantificare precisă. La utilizarea QX700, întregul flux de lucru este realizat într-un singur instrument, care poate gestiona până la 768 de probe pe zi.
Martin subliniază utilizarea ddPCR în detecția patogenilor, cum ar fi Bordetella pertussis, prezentând avantajele acestui sistem automatizat. Acesta este capabil să gestioneze probe clinice într-un mod consistent și scalabil, esențial în studiile de boli infecțioase.
Francesca detaliază fluxul de lucru NGS, începând cu extragerea ARN-ului, continuând cu pregătirea bibliotecii și rularea secvențierii. MiSeq i100 Plus aduce îmbunătățiri, inclusiv un timp de răspuns mai rapid și suport pentru multiple fluxuri de lucru. Aceasta permite generarea de date acționabile din probele analizate.
Martin explică infrastructura automatizată NGS de la hVIVO, care începe cu extragerea automată a acizilor nucleici. Acesta ajută la executarea protocoalelor complexe cu precizie, având un impact pozitiv asupra timpului de răspuns și calității datelor generate.
În ceea ce privește secvențierea virusului gripal, Martin menționează că aceasta este acum o practică obișnuită în supravegherea sănătății publice, influențând așteptările reglementatorilor în dezvoltarea antiviralelor. Secvențierea permite monitorizarea evoluției virale și detectarea mutațiilor de rezistență.
Martin discută despre profilarea transcriptomică prin RNA-Seq, care oferă o viziune de ansamblu asupra răspunsului la medicamente, comparativ cu măsurarea biomarkerilor individuali din sânge. Aceasta permite evaluarea schimbărilor coordonate la nivelul căilor biologice.
Combinarea ddPCR cu NGS, împreună cu modelele de provocare umană controlată, permite hVIVO să genereze date decizionale, oferind o înțelegere mai profundă a răspunsului la infecții și tratamente.
Martin menționează că procedura IMAP este flexibilă și poate fi utilizată pentru secvențierea altor viruși, extinzându-se în panouri de supraveghere virală care pot detecta până la 200 de viruși diferiți.
Chris subliniază importanța informațiilor de secvențiere în dezvoltarea noilor antivirale, observând o diversificare a proiectelor dincolo de vaccinuri, inclusiv noi tipuri de antivirale.
