Cercetările asupra virusului Sabiá din Brazilia evidențiază schimbările genetice ale acestuia
Virusul Sabiá provoacă un sindrom hemoragic acut și neurologic. Patru cazuri fatale au fost înregistrate în statul São Paulo din 1990.
Acest virus a circulat în Brazilia timp de aproximativ 142 de ani. Analizele genomice ale două cazuri din 2019 și 2020 arată că virusul a suferit modificări genetice de-a lungul timpului, explicând de ce nu a fost identificat prin testele existente.
Aceste rezultate fac parte dintr-un studiu publicat în jurnalul PLOS Neglected Tropical Diseases. Cercetarea a fost realizată de o echipă de la Centrul Comun Brazilia-Regatul Unit pentru Descoperirea, Diagnosticarea, Genomica și Epidemiologia Arbovirusurilor (CADDE), un centru de cercetare susținut de FAPESP, având sediul la Facultatea de Medicină a Universității din São Paulo (FM-USP) și la Imperial College London.
„Strainul de referință al virusului Sabiá provine din 1990, dintr-un caz din Cotia. Metoda de diagnosticare a fost dezvoltată pe baza acelui genom. Deoarece au trecut mai bine de 30 de ani, era foarte probabil ca virusul să fi suferit mutații. Nu avem suficiente cazuri pentru a valida această metodă, dar poate fi utilizată pentru viitoarele cazuri suspecte cu o acuratețe mai mare decât testele folosite până acum”, afirmă Ingra Morales Claro, cercetătoare în cadrul studiului realizat în timpul studiilor sale de doctorat cu o bursă FAPESP la FM-USP, acum cercetător postdoctoral la Universitatea din Kentucky.
Echipa a dezvoltat primeri – fragmente mici de ADN utilizate pentru a detecta virusul în teste de laborator – și le-a trimis Institutului Adolpho Lutz din São Paulo, cea mai importantă instituție din stat pentru acest tip de testare.
Genomurile recuperate din cazurile de Sabiá erau aproximativ 89% identice din punct de vedere genetic cu tulpinile descrise anterior în 1999, când a fost înregistrat al doilea caz din istorie. „Analizând genomurile noilor cazuri, am identificat mutații în regiunile țintă ale primerilor care au împiedicat detectarea prin testele de diagnostic existente. Am modificat acele regiuni și acum este posibil să identificăm tulpinile circulante”, explică Claro.
CADDE este coordonat în Brazilia de Ester Sabino, profesor la FM-USP, care a condus prima secvențiere a SARS-CoV-2 în țară în martie 2020, precum și a virusului mpox în 2022. În Regatul Unit, centrul este coordonat de Nuno Faria de la Imperial College London.
Faria a condus proiectul ZiBRA, care a secvențiat virusul Zika și a cartografiat focarul de febră galbenă din Brazilia și São Paulo. Împreună cu Sabino, echipa sa a coordonat și caracterizarea inițială a variantei Gamma a SARS-CoV-2 în Manaus.
Cazul de infecție cu virusul Sabiá din 2020 a fost identificat prin analize metagenomice, o tehnică care detectează diferite microorganisme dintr-o probă fără a ști ce virus trebuie căutat în prealabil. Virusul a fost prezent în sângele unui pacient de 52 de ani din Sorocaba. O abordare rapidă metagenomică, dezvoltată în timpul studiilor de doctorat ale Claro, a fost utilizată pentru a detecta agenți patogeni emergenți în probe clinice.
Bărbatul, care avea un istoric de drumeții în zone împădurite, a căutat ajutor la o clinică de îngrijire primară pe 30 decembrie 2019. A fost transferat apoi la spitalul general și de învățământ al FM-USP din São Paulo, cu un caz suspect de febră galbenă și a decedat pe 11 ianuarie 2020. Testele inițiale au fost negative pentru febra galbenă și virusul Sabiá.
După detectarea virusului în teste ulterioare, cercetătorii au analizat probele de sânge ale șapte cazuri anterioare de sindrom hemoragic acut și neurologic care au fost negative pentru febra galbenă. Au descoperit un caz implicând un muncitor rural de 63 de ani din Assis, care a fost internat la spitalul das Clínicas pe 10 decembrie 2019 și a decedat două zile mai târziu.
În ambele cazuri, cercetătorii au observat modificări în proteina care permite virusului să se lege de celulele umane. Analizele filogenetice, care permit reconstrucția istoricului evolutiv al unui virus, au indicat că patogenul circulă în Brazilia de zeci de ani și este probabil să nu fie o introducere recentă.
Este posibil să fi existat alte cazuri în trecut care nu au fost identificate. Este important să înțelegem virusul, să dezvoltăm teste și să studiăm schimbările care au loc în genomul său pentru a putea anticipa viitoarele cazuri și, chiar, focare ale bolii”, afirmă Ester Sabino.
Specia care servește ca rezervor pentru virus nu este încă cunoscută, dar se crede că sunt rozătoare sălbatice. Infecțiile au avut loc în zone rurale unde animalele sălbatice și oamenii pot interacționa.
„În acest context, abordările metagenomice s-au dovedit a fi instrumente esențiale pentru detectarea agenților patogeni rari sau neașteptați, în special atunci când testele de diagnosticare țintite eșuează. Această strategie a fost fundamentală în identificarea cazurilor fatale de Sabiá atât la oameni, cât și la animale sălbatice, subliniind rolul esențial al supravegherii genomice în detectarea riscurilor pentru sănătatea publică”, afirmă Faria.
Virusul Sabiá este considerat unul dintre virușii brazilieni cu cel mai mare risc de transmitere aerosol în mediul de laborator. Manipularea acestuia necesită cel mai înalt nivel de biosiguranță, o capacitate care nu există încă în America de Sud.
Primul laborator capabil să stocheze și să manipuleze virusul activ, Orion, este programat să fie deschis în 2030, fiind în prezent în construcție la Centrul Brazilian de Cercetare în Energie și Materiale (CNPEM) din Campinas. În prezent, tulpina de referință a virusului Sabiá este stocată în Statele Unite.
